書類作成時に出力されるファイル名を自動的に変更することはできますか？

はい、できます。書類作成用テンプレートには書類作成時の出力ファイル名という項目があり、出力されるファイル名を任意の文字列に変更できます。

この出力ファイル名には、テンプレート変数（{{ドキュメントタイプ名.解析項目名}}の形式）も使用できるため、解析結果の値をファイル名に含めることが可能です。例えば、取引先名や日付などの解析項目をファイル名に組み込むことで、ドキュメントごとに異なるファイル名を自動的に生成できます。

＊なお、書類作成に関するファイル名には、テンプレート自体の名前（テンプレート名）、出力時のファイル名（書類作成時の出力ファイル名）、連携先にアップロードされた際のファイル名（アップロードされたファイル名）という3種類があり、それぞれ別の設定・挙動を持ちます。